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JBrowse1

JBrowse 1简介#

JBrowse1 是基因组浏览器, 可以嵌入在html页面中, 且可以通过url进行交互。

安装#

由于jbrowse默认访问conf文件, 这样会被网络安全中心拉黑, 所以推荐使用noconf版本。

配置#

根据官方手册中的提示进行配置即可, 注意不要配置tracks.conf文件, 而是在trackList.json中进行配置(这两个文件是等效的，只是格式不同)。

以下为cottonMD中棉花的配置文件, 可作为参考: http://yanglab.hzau.edu.cn/static/jbr_conf/trackList.json。

示例#

Reference Sequences#

使用prepare-refseqs.pl格式化参考序列, 此命令会生成trackList.json文件 

bin/prepare-refseqs.pl --fasta ref.fa

gff/bed#

#bed文件只需修改--gff为--bed
bin/flatfile-to-json.pl --gff test.gff3 --trackType CanvasFeatures --trackLabel mygff

vcf#

使用genometools中的bgzip与tabix压缩vcf文件且生成索引文件 

bgzip test.vcf
tabix test.vcf.gz
配置json文件 
{
  "label": "vcf",
  "key": "test vcf",
  "storeClass": "JBrowse/Store/SeqFeature/VCFTabix",
  "urlTemplate": "path/to/test.vcf.gz",
  "type": "JBrowse/View/Track/HTMLVariants"
}

bw(BigWig)#

{
  "style": {
    "pos_color":"#FF6600",
  },
  "autoscale" : "local",
  "key" : "test_bw",
  "type" : "JBrowse/View/Track/Wiggle/XYPlot",
  "urlTemplate" : "path/to/test.bw",
  "scale":"log",
    "bicolor_pivot" : "zero",
  "storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BigWig",
  "label" : "test_bw",
}
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