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Blast

使用SequenceServer搭建blast网页服务。

SequenceServer安装配置#

  1. 下载安装blast+
  2. 安装SequenceServer
  3. 准备fasta格式的文件
  4. 使用blast+中的makeblastdb命令构建库文件 
    makeblastdb -dbtype <prot_or_nucl> -title <human_readable_name> -in <path_to_fasta> -parse_seqids
  5. 启动SequenceServer 
    sequenceserver -p <port> -d <path_to_database-dir> -n 50 -b <path_to_blast_binaries>

SequenceServer命令行选项#

Configuration file Command line Description
:bin: -b/--bin Indicates path to the BLAST+ binaries.
:database_dir: -d/--database_dir Indicates path to the BLAST+ databases.
:num_threads: -n/--num_threads Number of threads to use for BLAST search.
:host: -H/--host Host to run SequenceServer on.
:port: -p/--port Port to run SequenceServer on.
:require: -r/--require Load extension from this file.

升级SequenceServer2.0#

  1. 升级SequenceServer 
    gem install --pre sequenceserver
    可以使用以下命令回调版本。 
    gem uninstall sequenceserver
  2. 升级后运行命令不变。

Note

此时sequenceserver在blast后返回的url为www.xxx.com/{job.id}, 但是因为我们的blast服务启动的地址为www.xxx.com/{port}, 能够看到结果的url是www.xxx.com/{port}/{job.id}, 因此会导致返回的结果无法打开。目前在github上已经有人建议将返回的url改为 请求地址/{job.id}, 目前作者已经将此添加到todo里，可能以后版本会修复, 具体查看https://github.com/wurmlab/sequenceserver/issues/555。

以下为我目前的解决方案:
1. 找到gem的安装路径, 该命令可能会输出多个gem的安装路径, 检查每个路径中的gems目录中的文件, 找到sequenceserver-2.0.0.rc8(也可能是2.0其他版本)。 

echo "$(ruby -e 'puts Gem.path')"
2. 进入到path/to/sequenceserver-2.0.0.rc8目录后 
cd ./lib/sequenceserver
在server.rb文件中 
def initialize(app)
  @app = app
end
将上述代码修改为: 
def initialize(app)
  @app = app
  $my_port = app.config[:port]
end
3. 之后继续修改routes.rb文件 
redirect to("/#{job.id}")
搜索上述代码(由于版本问题，可能稍有差异), 将其修改为: 
redirect to("/#{$my_port}/#{job.id}")

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